Въведените начини за заплащане на консумираната топлинна енергия и прилаганият модел за отразяване на плащанията създават условия за неравнопоставеност на клиентите на дружеството "Топлофикация" - София, избрали различни начини на плащане. Това се посочва в доклади на Сметната палата за одитите за регулирането на цените от ДКЕВР, за дейността на "Топлофикация София" и за контрола на МИЕТ. За периода 2007 г. 2010 г. от дружеството "Топлофикация" - София е реализиран отрицателен финансов резултат. Към 31 декември 2010 г. дружеството е отчело натрупани загуби в размер на около 176,5 млн. лв. Основните причини са свързани с реализираните по-малки приходи, в резултат на: - определените от ДКЕВР цени на топлинната енергия, значително по-ниски от себестойността й; - решение на министъра на икономиката и енергетиката за задържане на цената топлинната енергия за първото и второто тримесечие на 2009 г. на нивото на цената към 01.10.2008 г. при нараснали цени на природния газ; - висок размер на просрочени и несъбираеми вземания от клиенти, част от които са обезценени. Установени са положителни тенденции във финансово-икономическото състояние на дружеството за периода от 2010 г. до 30. 04. 2013 г.